Le problème est connu, il ne vient pas de votre lightbox – overlay mais plutôt de votre animation flash.
Voir ci contre :
http://kb2.adobe.com/cps/155/tn_15523.html
La solution consiste a mettre un fond transparent à votre (animation swf, player ..) en utilisant ce code :

  1. Mettre ce code dans la balise OBJECT:
    <param name="wmode" value="transparent">
  2. Mettre ce parametre dans la balise EMBED:
    wmode="transparent"